Il quitta la Navarre pour faire ses études à l’Université de Paris. Il obtint brillamment ses grades et fut titulaire d’une chaire au collège de Beauvais. À Paris, il partagea sa chambre avec un étrange étudiant, Ignace de Loyola, âgé de 40 ans. Au début, François-Xavier supportait mal celui que la pauvreté a obligé à résider avec lui. Longtemps, il résista à l’ardeur évangélique de ce nouveau converti, homme de feu, il répétait : « Que sert à l’homme de gagner l’univers, s’il vient à perdre son âme ? »

Ils prononcèrent ensemble des vœux le 15 août 1534 et fondèrent la Compagnie de Jésus (les jésuites). Lorsque le pape rechercha des missionnaires pour l’Inde, François-Xavier dit simplement : « Eh bien, me voici ! » En 1541, il partit pour Goa, ville portugaise, dont il ramena les habitants à la foi, et où il baptisa plus de 40 000 idolâtres. Pendant une dizaine d’années, il travailla à la conversion des Paravers, pêcheurs de perles, près de Ceylan. Son ardeur et ses nombreux miracles connurent un succès extraordinaire. Pour porter plus loin l’Évangile, il s’adressa plus difficilement aux musulmans des îles Moluques, puis fonda les premières communautés chrétiennes au Japon.

Son désir de faire connaître Jésus-Christ était si grand qu’il projeta d’aller en Chine, mais il mourut avant d’y parvenir d’une fluxion de poitrine contractée sur l’île Sancian située à proximité de la côte chinoise, le 2 décembre 1552.

Il était l’un des saints patrons des Journées mondiales de la jeunesse de Madrid en 2011.